《名侦探柯南 木偶交响曲》以三叶草高跟鞋公司一周年纪念会做为事件的开端，在纪念会上，恐怖分子占领了sky clover会场，然而，在这个封闭的空间里，却接连不断地发生了恶性事件！是事故、自杀？还是？这时，会场当中的名侦探们也开始行动了，他们将一起起交错连续的事件连接起来，不断解开谜团，然而，最终的犯人到底是谁？案件背后还蕴含着什么不为人知的秘密。

游戏背景

“苜蓿岗”是一幢以临港地区为中心建设的超高层瞭望台。同时充当着全岛控制中心的“苜蓿岗”中控塔正在举办开业1周年的活动，因此现在临港地区人山人海。

而人流中还出现了柯南一家人的身影。接受事件委托的小五郎、柯南和兰来到了委托人约见的水族馆，少年侦探团和灰原追寻着都市传说登上了大楼的紧急楼层，服部与和叶则参加了电视台的公开制作活动。

这时候，突然发生了巨大的爆炸，连接临港地区与内陆的大桥遭到爆破，惊愕的柯南等人意识到，自己被孤立了。

同时通过各种媒介传来了犯罪声明以及“苜蓿岗”中的人被胁持为人质的消息。“苜蓿岗”被占领了……。失去控制的“苜蓿岗”一片混乱，多个区域接连发生恶性案件，“苜蓿岗”中有一个抱着邪恶意图的集团。

事件已经不是靠柯南一己之力可以解决的了。

小五郎、平次、兰、和叶、园子、少年侦探团、警视厅的成员、怪盗基德……

必须集合大家的力量才能平息这场混乱。柯南他们的对手还不止1名犯人。他们的目的究竟是什么？柯南他们能否找出真相，阻止他们的犯罪行为？

游戏界面

可以换频状态（下屏显示）

在游戏中，下屏会显示目前可以换频的角色，并通过背景来表示该角色所在地点。

操作中

通过高亮和播放图标来显示目前玩家所控制的角色视点。

不可换频状态

雪花电视图标，表示目前无法切换到该角色视点。

Close the Door状态

被剧情锁定的频道，该角色视点的故事暂时无法继续进行。玩家需要操作其他角色去触发特定条件，才能解锁并继续推进剧情。

Open the Door

某个频道被锁定时，屏幕上会有攻略要点提示。玩家按照提示切换其他角色继续调查、并满足特定条件后，原来的Close the Door状态就会被解除，这时屏幕上会有Open the Door字样出现。

游戏相关

NBGI公司预定2013年4月25日推出游戏《名侦探柯南 木偶交响曲》，本作将会在任天堂3DS平台上推出。现此游戏日本官网已公布了75秒的预热预告PV视频，从视频中可看出此次案件的扑朔迷离。

官网上出现了“推理x冒险，交叉视角下唯一的真相！”的宣传标语。此款游戏运用了zapping游戏系统，此系统可以切换玩家角色视角在不同场景下进行游戏，又被网友称之为“神系统”。玩家在游戏时可以不断切换各自的视角，逼近事件的真相。

这款游戏是柯南系列游戏连续第三次被NBGI游戏公司代理发行，发行的前两作分别为《名侦探柯南蓝宝石的圆舞曲》和《名侦探柯南来自过去的前奏曲》，三作均以音乐命名，这也受到许多网友的吐槽。

《名侦探柯南悬丝木偶交响曲》是由曾制作推出《428被封锁的涉谷》与《街命运的交差点》等经典推理冒险游戏的的Spike Chunsoft 担任开发。